Lluís Bosch ICRA - Tasks overview
Research support computer scientist — lbosch@icra.cat (D11 office)
Research Support Computer Scientist role description
  • Assistance in programming.
  • Automation of tasks.
  • Mathematical support.
  • Web page creation for data management.
  • Help using Linux operating system.
  • GitHub support.
Download the slides: 📄2023-11-30-lluis-bosch-empowering-research-through-computing-support.pptx (PPTX file).
Planificació setmanes (sprints)

"Sprints": períodes de 2/3/4 setmanes de dedicació a un sol projecte. Aquesta planificació pot canviar sobre la marxa si es reprioritza (per exemple, si entra petició urgent)

Setmana (dilluns) Projectes prioritaris (ordenats de més a menys)
novembre 2026
2026-11-09glops, visitants, standards, indicadors, paretverda, orbitrap
2026-11-16standards, visitants, indicadors, paretverda, orbitrap
2026-11-23[no_prioritzat] glops, visitants, standards, indicadors, paretverda, orbitrap
2026-11-30[no_prioritzat] glops, visitants, standards, indicadors, paretverda, orbitrap
desembre 2026
2026-12-07[no_prioritzat]
2026-12-14[no_prioritzat]
2026-12-21[no_prioritzat]
2026-12-28[no_prioritzat]
gener 2027
2027-01-11plataforma col·laboració califòrnia-icra ("calcat","catcal",nom per determinar)
Task list (projects) — Updated: ...
All tasks [PRIO] prioritary [WIPR] work in progress [WAIT] waiting for someone else [TODO] not started [COMP] complete
 — Visualization options:

  • [2023-12-14] sbusquets, lcorominas: Millorar web solucions dsu (solucions-dsu.icradev.cat)
  • [2024-01-03] isanchez: Modificació web consum-electric.icradev.cat
  • [2024-01-12] lcorominas: Article PCA
  • [2024-01-14] jcuenca (SIE): Cluster: arreglar node compute-12
  • [2024-01-17] osacristan: R Venn diagrams ajuda amb el codi plot abundància relativa
  • [2024-01-29] lguerrero: Release dades públiques (github i zenodo) xarxa vigilància SARSAIGUA (github.com/icra/sars-aigues)
  • [2024-01-10] ollorente: Dubtes web colab icra + basquet-girona
  • [2024-02-01] jlbalcazar: Suport usuari cluster pcolman
  • [2024-02-20] aaranda: Instal·lar al cluster:
    • SRA Toolkit (NCBI)
    • BWA-MEM
    • STAR
    • SAMTools
    • HTSeq
    • DeSeq
    • FastQC i MultiQC
  • [2024-01-23] lcorominas: Fitxers 3d ABM (solucions-dsu.icradev.cat)
  • [2024-02-14] jluque: Eina web per ajuntar 2 excels amb columna en comú
  • [2023-12-12] etornes: Reconcilació base de dades omnidia (deadline: abril24)
  • [2024-03-01] rdiaz: Ajuda muntatge node nou cluster
  • [2024-03-01] rdiaz: Allotjar web antiga icra al cluster
  • [2024-03-07] ssabater, etornes: Compta les hores que has dedicat a fer això de les diatomees, per fer la factura, quan puguis, no hi ha pressa, encara no he acabat la meva part
  • [2024-03-08] pgimenez, xgarcia: Afegir contingut TV hall icra
  • [2024-03-14] jlbalcazar: Instalar R-bioconductor al cluster
  • [2024-03-13] vrocasalva:

    riskassessment.icradev.cat

    error al codi BUGFIX
  • [2024-03-26] mrescan: crear container amb els programes fastqc i trimmomatic (java tots dos)
  • [2024-01-17] apico: Cluster: instalar megan6 [ok]. Mirar error "dconf"
  • [2024-03-13] nklamerth: Usuari + programes cluster ("sirius" + "ms-novelist")
  • [2024-04-16] jortiz: ajuda amb comandes cluster (qiime i biom)
  • [2024-04-16] clemente abm: carregar 3 nous fitxers 3d a la web (deflector, wetland, tanc etiquetes)
  • [2023-04-25] rdiaz update doc cluster sharepoint (https://ficra.sharepoint.com/sites/ICRA-IT2/SitePages/ICRA-HPC.aspx)
  • [2024-02-13] asanchis: Ajuda programació scripts shell (bash) cluster (blast, mummer, etc)
  • [2024-05-27] asanchis: instalar A5 pipeline cluster
  • [2024-05-27] dhenry: cluster: container ubuntu amb python3 i python3-osgeo (gdal)
  • [2024-06-06] mrescan, mdachs: container amb els programes hisat2, fadu
  • [2024-06-28] asanchis: ajuda amb fitxers FASTA
  • ssabater, etornes https://deteccio-especies.icradev.cat/
  • ssabater https://tragsatec.icradev.cat/
  • On hold projects (not actively maintained BUT with possible future development reopening):
    • lcorominas ecam (IWA, GIZ)
    • lcorominas, vacuña, jcomas ecoadvisor (ACA, Global Omnium)
    • lcorominas, ogutierrez innowatt (ICRA)
  • [2023-12-11] pgimenez, afreixa:

    mesocosmos mesocosmos.icradev.cat

    • sistema FTP
      • comentar amb afreixa reunió 30ABR
      • fer funcionar correctament
    • mesocosmos live
      • comentar amb afreixa reunió 30ABR
      • receptes automàtiques (lògica)
      • (futur) disseny interfície
  • [2023-12-13] mfarré, mcelic, fzafra: Plataforma waterdom statistics: OPLS-DA + ANOVA + posthoc tests (waterdom.icradev.cat)
    • [2024-01-10] nros: Tractament estadístic dades multivariants (PCA + ANOVA). Aprofitar plataforma waterdom.
    • [2024-02-19] apedregal: Ajuda análisis estadístic (data.csv i pdf explicació mail)
    • [2024-03-07] lbosch: Plataforma dedicada per anàlisi automàtic de dades amb estructura "n+m" columnes on "n factors", "m response variables" (anova.icradev.cat)
    • comentar plataforma anova amb vicenç per fer difusió/seminari a icra
  • [2024-04-05] lcorominas: comentaris revisors article pca deadline: 2024-05-03
    • Canviar part interpolació
    • Calcular llindras a 5% i 1% per tenir tres franjes (verd, groc, vermell)
    • Fer diccionari de scores per data on cada data és una pca diferent
    • [2024-04-29] josep graficarà amb R segons JSON enviat
    • enviat
  • [2023-12-15] lcorominas: Ecovat crear prototip aparell innowatt
  • [2023-12-20] lcorominas: Solucionar renovació automàtica domini loading icradev.cat pel 2025
  • [2024-01-11] ogutierrez:
    • Recollir ordinador Fontajau
    • Tractament de dades 2023 any sencer (optimizació potències)
    • rebre documents pdf xavier agustí (ajuntament girona)
  • [2024-01-23] gbuttiglieri, mriva: Programació PLC projecte MULTISOURCE (SIM card replacement on the GRETA system - Sant Quirze)
    • sim changed
    • internet working in router
    • static ip sim card
      • dynamic dns configuration
      • get public ip through NAT
      • contractar ip fixa (mriva contacta amb agència catalana habitatge, esperant resposta)
      • CTTI diu "la línia 673006415 té configurada la ip fixe 81.60.233.7"
  • [2024-01-24] jlbalcazar: Cluster instalar (/home/pipelines/ubuntu_*):
    • cutadapt
    • spades
    • skesa
    • quast
    • pgap
      • comprovar container (docker://ncbi/pgap_2023-10-03.build7061)
  • [2024-01-24] sbusquets, ljaurrieta: Suport modificació web 4sm (4sm.icradev.cat)
    • esperar sbusquets demani ajuda
  • [2024-01-29] ogutierrez, lcorominas: Comprar cable òptic i modem USB per fer lectures remotes innowatt
  • [2024-01-29] lcorominas: Traduir paquet innowatt (protocol lectura comptadors) de py2 a py3
  • [2024-02-05] xgarcia: Web estudiant (mapa d'accions de recerca al mapa de Catalunya). A la reunió s'ha acordat fer servir "my maps" de google + codi embed.
  • [2024-02-12] isanchez:

    Segmentació per aparell consum elèctric edifici H2O. Consulta feta a C2i. Manteniment i rdiaz també participen.

    • Reunió amb DSET + Eduard (parc manteniment)
    • Carpeta "htdocs/segmentacio-kwh". Provar llibreria knx (npm install knx) (npmjs.com/package/knx)
    • reunió dia 3 Abr
    • reunió 10ABR isanchez+eduard
    • esperar dvila(DSET) i eduard(PARC) executin segons el parlat a la reunió
    • sigfox HTTP REST API (https://support.sigfox.com/apidocs)
    • esperar resposta manteniment parc
  • [2024-03-13] vrocasalva, cgutierrez, mpijuan, wgernjak: Web Risk Assessment (crear sistema per pujar documents firmats)
    • login investigadors ICRA
      • provar ssh tunel (funciona)
    • implementar canvis reunió 10-Abr-24
    • Notes Reunió 2024-09-19 * assistents: mpijuan, vrocasalva, ncaceres, cgutierrez, lbosch
      • treure àrees
      • crear usuari "visitants" (login visitants)
      • per poder firmar (posar nom del visitant)
      • filtrar documents per perillositat
      • filtrar projectes per actiu/inactiu
      • [2025-01-20] ncaceres: poder pujar pdfs FDS
  • [2024-03-13] asegues, mpijuan: Programació electrovalvula + bomba (arduinos)
    • comprar Relé de 220V-AC, 30V-DC, activable amb senyal de 5V
    • o bé comprar transistor MOSFET de 24V, activable amb senyal de 5V
    • trobada botiga a girona (BTS electrònica, Carrer de Valladolid, 7, 17005 Girona)
    • status: asegues diu comprarà peces (2024-04-02)
    • recopilar: transformador(220V-24V), cables i endolls per muntatge:
  • [2024-03-22] lbosch: inventari peces (inventari-electronica.icradev.cat).
    • Comentar amb rdiaz
    • Comentar amb vacuña (li sembla bé)
  • [2024-04-03] lcorominas: projecte wotter, compilar model janick i visualitzador jsalo en una web.
  • [2024-04-16] apedregal, dmercado: compilar fitxers CS en container al cluster + instalar R, python i jupyter
    • apedregal contacta autors per compilar només app de terminal
    • els autors responen que no enviaran el codi
    • [2024-04-19] singularity pull docker://mtapiio/wine8 funciona
    • [2024-04-19] instalar dins del cluster
    • [2024-04-25] apedregal i dmercado fan proves i em diuen algo
  • [2024-04-24] cgutierrez pts.icradev.cat
    • reunió per dissenyar web
  • [2023-04-25] ljaurrieta update fitxes SDS
    • noves (706 a 719)
    • (lide mirarà) falta confirmar el "Naphrax" FDS-706.pdf
    • noves (720 a 749)
  • [2024-04-26] rdiaz parar nodes antics cluster (compute-{00..11})
  • [2024-05-14] jpueyo container ubuntu amb qgis, postgresql i giswater, pgAdmin i swmm, i un README
  • [2024-05-15] lcorominas, jklink, jsalo verificar que wotter funciona després dels canvis de jsalo
  • [2024-05-30] osacristan kraken2 instalar (/home/pipelines/alpine_kraken.sif)
  • [2024-06-07] mriva, eherran, emendoza, gbuttiglieri, jcomas

    paretverda.icradev.cat

    • afegir visualitzador PLC modbus dins d'aquest domini
    • ips fixes: 192.168.103.75, 192.168.103.76
    • preguntar estat PLC albert i implementar llibreria modbus
    • visor implementat a: paretverda.icradev.cat/plc
    • programar lectures cada 1h/2h (72min?)
    • programar timestep lectures cada 5 min quan s'engegui la bomba
    • check caudalímetro bomba (plc adreça 8, "cabalgen")
    • status tema sim vodafone
  • [2024-06-12] ollorente configurar container alpine amb R i swat
  • [2024-06-12] ollorente, mriva, lcorominas comptakilometres bluetooth python web real time.
    • oliu compra aparell BLE/ANT+
    • script de python que alimenti sqlite i jo faig web
  • [2024-06-12] xgarcia involucracio projecte EESAM2
    • Obj.2. Gestió de dades biofísiques i socioeconòmiques: Recollir, validar, tractar i emmagatzemar dades biofísiques i socioeconòmiques rellevants per a millorar la precisió i actualització dels models de valorització dels serveis recreatius i estètics dels paisatges fluvials.
    • Obj. 5: Sistema d’ajuda a la presa de decisions (SAD): Millorar la usabilitat i accessibilitat del SAD per a usuaris no especialitzats. Assegurar que el SAD compleixi amb els requisits específics per a la proposta d'estratègies basades en objectius ambientals i la seva avaluació socioeconòmica
  • [2024-06-12] pcolman anvio setup
    • kaiju (https://github.com/bioinformatics-centre/kaiju)
    • centrifuge (https://github.com/DaehwanKimLab/centrifuge/releases)
    • instalar firefox i chrome al cluster
    • pcolman fa prova i em diu si tot ok
  • [2024-06-18] osacristan spades problema memoria
    hem ampliat la memoria per procés així:

    [root][~]# cat /proc/sys/vm/max_map_count
    65530
    [root][~]# sysctl vm.max_map_count=262144
    [root][~]# cat /proc/sys/vm/max_map_count
    262144

  • [2024-06-25] lcorominas descripcio components sarsaigua
  • [2024-07-10] jpueyo ajuda amb deployment de web al loading (ssh-keygen, ssh-copy-id, instalar WSL i ubuntu per fer rsync)
  • [2024-07-10] pcolman instal·lar programes metagenòmica per treballar amb anvio:
    • spades
    • quast.py
    • fastQC
    • trimmomatic
    • ncbi-genome-download
    • agnostos
    • pcolman fa prova i em diu si tot ok
  • [2024-07-22] sdrammeh, lcorominas, pcolman, apico web enquesta podcast
  • [2024-10-15] mcelic

    orbitrap.icradev.cat

    • afegir columna (area-blank)
    • restar blank a MM (MM_Blank_AIF)
    • restar blank a mostres (Blank_HPLC_AIF)
    • fer mitjana i desviació estàndard rèpliques (a,b,c)
    • afegir desviació estàndard al càlcul de Recovery
    • tenir en compte que el recovery pot tenir diferents nivells (100ppb, 50ppb...)
    • després de restar el blanc a l'àrea, calcular regressió MM i descartar valors negatius o zero o "N/F"
    • discutir més endavant exportació resultats
  • [2024-10-15] isanchez, rdiaz simulador escenaris (projectes, persones, despeses) simulador.icradev.cat
  • [2024-10-15] pcolman instalar nf-core (nextflow). pcolman prova i em diu si funciona tot ok
  • [2024-10-15] vrocasalva renovar loading+plesk+domini icradev
  • [2024-10-16] sbusquets, lcorominas: web solucions dsu (solucions-dsu.icradev.cat)
    valorar si es pot fer que es vegi bé al mòbil
  • [2024-10-16] mriva: trucar home gencat sobre tema ip fixe
  • [2024-10-18] wgernjak, dmercado, lcorominas, rmarce: projecte RECREATE, crear estructura i subdomini web amb checboxes per veure gràfic a partir dels següents timeseries:
    yyyy-mm-dd punt geogràfic river-discharge (històric) river-discharge RCP26 (futur) river-discharge RCP45 (futur) river-discharge RCP85 (futur)
    1850-01-01 {muga,denmark,syros,netherland} a0 b0 c0 d0
    ... ... ... ... ... ...
    2100-01-01 {muga,denmark,syros,netherland} an bn cn dn
    • descarregar models (7TB) a disc dur icra wolf
  • [2025-01-20] mfillol, lcorominas SARSAIGUA

    covidvigilancia.icra.cat

    • afegir api variants zenodo
    • agrupació de 5 edars (DGIR, DLLE, DTAR, DPDL, DBSS) per gràfic N1 mitjana
    • iframe variants dins de sarsaigua.icra.cat
    • (no urgent) generació automàtica informes
  • [2024-10-22] vacuña, etornes, rdiaz "indicadors_icra"

    indicadors.icradev.cat

    • Indicadors de centre (2023-2029) (cada any)
    • Indicadors IP (cada 3 anys)
    • API calls a:
      • Scopus (ok)
      • MS SQL Server (icranet) (ok)
      • api SAGE
      • api open alex (segons reunió amb etornés)
      • api genderize.io
    • Reunió 30/01/2026 vicenç:
      • automatitzar iframes per generar infografia web icra
      • investigar APIs: "xxss.icradev.cat" per mètriques de: seguidors, shares, streams
        • youtube.com/@icrawater
        • instagram.com/icrawater
        • twitter.com/icrawater
        • bsky.app/profile/icrawater.bsky.social
    • Reunió 18/03/2026 vicenç
      • recollir camps fundanet necessaris, parlar Ruben per API de fundanet.
      • usar open alex per filtrar articles amb socis industrials (per exclusió de noms "universitat","institute","research"...).
      • afegir nous ips a sage.txt.
      • mirar codi per ips associats per any (taula personal_projectes).
    • veure TODO list a la mateixa plataforma notes.txt
  • [2025-02-04] dalvarez

    standards.icradev.cat

    plataforma standards
    TODO list plataforma (standards.icradev.cat/todo.html):
  • [2025-03-03] wgernjak, tlock

    aiguaneix.icradev.cat

    plataforma aiguaneix: importació automàtica de CSVs de sensors a base de dades SQL i graficar valors sota demanda
    • implementar conversor CSV a SQL
    • graph api microsoft llegir correu aiguaneix@icra.cat
  • [2025-03-14] osacristan kraken2 problema base de dades 500gb (falta RAM)
    • solucionat fent servir servei extern
  • [2025-06-11] fcomalada, vacuña web scrapping api wikiloc codi francesc; intentar fer funcionar al cluster
  • [2025-09-22] ollorente ajuda amb web python django cluster
  • [2025-03-18] agabarda, jpueyo, ssabater

    web projecte H2OSEG.es

    • instalar wordpress
    • accés ssh al loading per "agustin"

    web per unificar taules (punts/sequera/cabal/geometria)
    h2oseg.icradev.cat

  • [2025-11-03] sdrammeh, pgimenez "pantalla85_notícies_icra"

    crear web estàtica pròxims esdeveniments a TV entrada

    • demanar accés mysql de wordpress
    • test accés
    • crear icra.cat/esdeveniments_api script php que generi json
    • esdeveniments.icradev.cat creat
    • aplicar disseny Sady a esdeveniments.icradev.cat
    • mailchimp indicadors i notícies
  • [2025-11-18] vacuña, afreixa "articles_gènere", "indicadors_openAlex"

    Estudi de gènere en articles científics de diversos camps al llarg dels anys

    Integrar en un codi les següents eines:

    • scimagojr
    • openAlex
    • genderize.io
    • scopus
  • [2025-11-21] xgarcia CLIMAWWTE programar 2 setmanes de dedicació setembre 2026 aprox
  • [2025-12-01] lcorominas, jlbalcazar FOODTRACK programar 3 setmanes de dedicació
  • [2025-12-01] apico snakemake_apico

    solucionar problemes execució cluster

  • [2026-02-02] afreixa, pgimenez, nbesoli, sdrammeh

    glops

    crear versió per mòbil urgent per divendres dia 6 de novembre de 2026

  • [2026-06-09] rdiaz

    indicadors_icra, json_fundanet

    vincular json cluster (exportat de fundanet) amb web indicadors i web standards (comandes)

    • comandes_pendents.json
    • linies_propostes_compra.json
    • projectes.json
    • projectes_personal.json
    • projectes_stakeholders.json
    • propostes_compra.json
    • proveidors.json
  • [2026-07-24] sinsa, mpijuan, amartin, isanchez, rdiaz

    visitants.icradev.cat

    sistema registre visites edifici icra

    [2026-10-19] status: la web funciona però no està implementada, esperant compra tablet

  • [2026-07-31] ollorente

    itlab.icra.cat

    actualitzar projectes

  • [2026-11-02] isanchez, rdiaz

    • crear document per DPO per visitants.icradev.cat
    • crear document descripció servidor plesk loading

  • [2026-11-11] vacuña [calcat]
    • get openalex works from stoten 2015-2025 and classify catalonia/us and calculate percentage
    • also from water research