Lluís Bosch ICRA

all [TODO] pending (not started) [PRIO] prioritary [WIPR] work in progress [WAIT] waiting for someone else [COMP] complete

— Visualization options:

ICRA people:

[2023-12-14] sbusquets, lcorominas: Millorar web solucions dsu (solucions-dsu.icradev.cat)
[2024-01-03] isanchez: Modificació web consum-electric.icradev.cat
[2024-01-12] lcorominas: Article PCA
[2024-01-14] jcuenca (SIE): Cluster: arreglar node compute-12
[2024-01-17] osacristan: R Venn diagrams ajuda amb el codi plot abundància relativa
[2024-01-29] lguerrero: Release dades públiques (github i zenodo) xarxa vigilància SARSAIGUA (github.com/icra/sars-aigues)
[2024-01-10] ollorente: Dubtes web colab icra + basquet-girona
[2024-02-01] jlbalcazar: Suport usuari cluster pcolman
[2024-02-20] aaranda: Instal·lar al cluster:
- SRA Toolkit (NCBI)
- BWA-MEM
- STAR
- SAMTools
- HTSeq
- DeSeq
- FastQC i MultiQC
[2024-01-23] lcorominas: Fitxers 3d ABM (solucions-dsu.icradev.cat)
[2024-02-14] jluque: Eina web per ajuntar 2 excels amb columna en comú
[2023-12-12] etornes: Reconcilació base de dades omnidia (deadline: abril24)
[2024-03-01] rdiaz: Ajuda muntatge node nou cluster
[2024-03-01] rdiaz: Allotjar web antiga icra al cluster
[2024-03-07] ssabater, etornes: Compta les hores que has dedicat a fer això de les diatomees, per fer la factura, quan puguis, no hi ha pressa, encara no he acabat la meva part
[2024-03-08] pgimenez, xgarcia: Afegir contingut TV hall icra
[2024-03-14] jlbalcazar: Instalar R-bioconductor al cluster
[2024-03-13] vrocasalva:
riskassessment.icradev.cat
error al codi BUGFIX
[2024-03-26] mrescan: crear container amb els programes fastqc i trimmomatic (java tots dos)
[2024-01-17] apico: Cluster: instalar megan6 [ok]. Mirar error "dconf"
[2024-03-13] nklamerth: Usuari + programes cluster ("sirius" + "ms-novelist")
[2024-04-16] jortiz: ajuda amb comandes cluster (qiime i biom)
[2024-04-16] clemente abm: carregar 3 nous fitxers 3d a la web (deflector, wetland, tanc etiquetes)
[2023-04-25] rdiaz update doc cluster sharepoint (https://ficra.sharepoint.com/sites/ICRA-IT2/SitePages/ICRA-HPC.aspx)
[2024-02-13] asanchis: Ajuda programació scripts shell (bash) cluster (blast, mummer, etc)
[2024-05-27] asanchis: instalar A5 pipeline cluster
[2024-05-27] dhenry: cluster: container ubuntu amb python3 i python3-osgeo (gdal)
[2024-06-06] mrescan, mdachs: container amb els programes hisat2, fadu
[2024-06-28] asanchis: ajuda amb fitxers FASTA
ssabater, etornes https://deteccio-especies.icradev.cat/
ssabater https://tragsatec.icradev.cat/
On hold projects (not actively maintained BUT with possible future development reopening):
- lcorominas ecam (IWA, GIZ)
- lcorominas, vacuña, jcomas ecoadvisor (ACA, Global Omnium)
- lcorominas, ogutierrez innowatt (ICRA)
[2023-12-11] pgimenez, afreixa:
mesocosmos mesocosmos.icradev.cat
- sistema FTP
  - comentar amb afreixa reunió 30ABR
  - fer funcionar correctament
- mesocosmos live
  - comentar amb afreixa reunió 30ABR
  - receptes automàtiques (lògica)
  - (futur) disseny interfície
[2023-12-13] mfarré, mcelic, fzafra: Plataforma waterdom statistics: OPLS-DA + ANOVA + posthoc tests (waterdom.icradev.cat)
- [2024-01-10] nros: Tractament estadístic dades multivariants (PCA + ANOVA). Aprofitar plataforma waterdom.
- [2024-02-19] apedregal: Ajuda análisis estadístic (data.csv i pdf explicació mail)
- [2024-03-07] lbosch: Plataforma dedicada per anàlisi automàtic de dades amb estructura "n+m" columnes on "n factors", "m response variables" (anova.icradev.cat)
- comentar plataforma anova amb vicenç per fer difusió/seminari a icra
[2024-04-05] lcorominas: comentaris revisors article pca deadline: 2024-05-03
- Canviar part interpolació
- Calcular llindras a 5% i 1% per tenir tres franjes (verd, groc, vermell)
- Fer diccionari de scores per data on cada data és una pca diferent
- [2024-04-29] josep graficarà amb R segons JSON enviat
- enviat
[2023-12-15] lcorominas: Ecovat crear prototip aparell innowatt
[2023-12-20] lcorominas: Solucionar renovació automàtica domini loading icradev.cat pel 2025
[2024-01-11] ogutierrez:
- Recollir ordinador Fontajau
- Tractament de dades 2023 any sencer (optimizació potències)
- rebre documents pdf xavier agustí (ajuntament girona)
[2024-01-23] gbuttiglieri, mriva: Programació PLC projecte MULTISOURCE (SIM card replacement on the GRETA system - Sant Quirze)
- sim changed
- internet working in router
- static ip sim card
  - dynamic dns configuration
  - get public ip through NAT
  - contractar ip fixa (mriva contacta amb agència catalana habitatge, esperant resposta)
  - CTTI diu "la línia 673006415 té configurada la ip fixe 81.60.233.7"
[2024-01-24] jlbalcazar: Cluster instalar (/home/pipelines/ubuntu_*):
- cutadapt
- spades
- skesa
- quast
- pgap
  - comprovar container (docker://ncbi/pgap_2023-10-03.build7061)
[2024-01-24] sbusquets, ljaurrieta: Suport modificació web 4sm (4sm.icradev.cat)
- esperar sbusquets demani ajuda
[2024-01-29] ogutierrez, lcorominas: Comprar cable òptic i modem USB per fer lectures remotes innowatt
[2024-01-29] lcorominas: Traduir paquet innowatt (protocol lectura comptadors) de py2 a py3
[2024-02-05] xgarcia: Web estudiant (mapa d'accions de recerca al mapa de Catalunya). A la reunió s'ha acordat fer servir "my maps" de google + codi embed.
[2024-02-12] isanchez:
Segmentació per aparell consum elèctric edifici H2O. Consulta feta a C2i. Manteniment i rdiaz també participen.
- Reunió amb DSET + Eduard (parc manteniment)
- Carpeta "htdocs/segmentacio-kwh". Provar llibreria knx (npm install knx) (npmjs.com/package/knx)
- reunió dia 3 Abr
- reunió 10ABR isanchez+eduard
- esperar dvila(DSET) i eduard(PARC) executin segons el parlat a la reunió
- sigfox HTTP REST API (https://support.sigfox.com/apidocs)
- esperar resposta manteniment parc
[2024-03-13] vrocasalva, cgutierrez, mpijuan, wgernjak: Web Risk Assessment (crear sistema per pujar documents firmats)
- login investigadors ICRA
  - provar ssh tunel (funciona)
- implementar canvis reunió 10-Abr-24
- Notes Reunió 2024-09-19 * assistents: mpijuan, vrocasalva, ncaceres, cgutierrez, lbosch
  - treure àrees
  - crear usuari "visitants" (login visitants)
  - per poder firmar (posar nom del visitant)
  - filtrar documents per perillositat
  - filtrar projectes per actiu/inactiu
  - [2025-01-20] ncaceres: poder pujar pdfs FDS
[2024-03-13] asegues, mpijuan: Programació electrovalvula + bomba (arduinos)
- comprar Relé de 220V-AC, 30V-DC, activable amb senyal de 5V
- o bé comprar transistor MOSFET de 24V, activable amb senyal de 5V
- trobada botiga a girona (BTS electrònica, Carrer de Valladolid, 7, 17005 Girona)
- status: asegues diu comprarà peces (2024-04-02)
- recopilar: transformador(220V-24V), cables i endolls per muntatge:
[2024-03-22] lbosch: inventari peces (inventari-electronica.icradev.cat).
- Comentar amb rdiaz
- Comentar amb vacuña (li sembla bé)
[2024-04-03] lcorominas: projecte wotter, compilar model janick i visualitzador jsalo en una web.
[2024-04-16] apedregal, dmercado: compilar fitxers CS en container al cluster + instalar R, python i jupyter
- apedregal contacta autors per compilar només app de terminal
- els autors responen que no enviaran el codi
- [2024-04-19] singularity pull docker://mtapiio/wine8 funciona
- [2024-04-19] instalar dins del cluster
- [2024-04-25] apedregal i dmercado fan proves i em diuen algo
[2024-04-24] cgutierrez pts.icradev.cat
- reunió per dissenyar web
[2023-04-25] ljaurrieta update fitxes SDS
- noves (706 a 719)
- (lide mirarà) falta confirmar el "Naphrax" FDS-706.pdf
- noves (720 a 749)
[2024-04-26] rdiaz parar nodes antics cluster (compute-{00..11})
[2024-05-14] jpueyo container ubuntu amb qgis, postgresql i giswater, pgAdmin i swmm, i un README
[2024-05-15] lcorominas, jklink, jsalo verificar que wotter funciona després dels canvis de jsalo
[2024-05-30] osacristan kraken2 instalar (/home/pipelines/alpine_kraken.sif)
[2024-06-07] mriva, eherran, emendoza, gbuttiglieri, jcomas
paretverda.icradev.cat
- afegir visualitzador PLC modbus dins d'aquest domini
- ips fixes: 192.168.103.75, 192.168.103.76
- preguntar estat PLC albert i implementar llibreria modbus
- visor implementat a: paretverda.icradev.cat/plc
- programar lectures cada 1h/2h (72min?)
- programar timestep lectures cada 5 min quan s'engegui la bomba
- check caudalímetro bomba (plc adreça 8, "cabalgen")
[2024-06-12] ollorente configurar container alpine amb R i swat
[2024-06-12] ollorente, mriva, lcorominas comptakilometres bluetooth python web real time.
- oliu compra aparell BLE/ANT+
- script de python que alimenti sqlite i jo faig web
[2024-06-12] xgarcia involucracio projecte EESAM2
- Obj.2. Gestió de dades biofísiques i socioeconòmiques: Recollir, validar, tractar i emmagatzemar dades biofísiques i socioeconòmiques rellevants per a millorar la precisió i actualització dels models de valorització dels serveis recreatius i estètics dels paisatges fluvials.
- Obj. 5: Sistema d’ajuda a la presa de decisions (SAD): Millorar la usabilitat i accessibilitat del SAD per a usuaris no especialitzats. Assegurar que el SAD compleixi amb els requisits específics per a la proposta d'estratègies basades en objectius ambientals i la seva avaluació socioeconòmica
[2024-06-12] pcolman anvio setup
- kaiju (https://github.com/bioinformatics-centre/kaiju)
- centrifuge (https://github.com/DaehwanKimLab/centrifuge/releases)
- instalar firefox i chrome al cluster
- pcolman fa prova i em diu si tot ok
[2024-06-18] osacristan spades problema memoria
hem ampliat la memoria per procés així:

[root][~]# cat /proc/sys/vm/max_map_count 65530 [root][~]# sysctl vm.max_map_count=262144 [root][~]# cat /proc/sys/vm/max_map_count 262144
[2024-06-25] lcorominas descripcio components sarsaigua
[2024-07-10] jpueyo ajuda amb deployment de web al loading (ssh-keygen, ssh-copy-id, instalar WSL i ubuntu per fer rsync)
[2024-07-10] pcolman instal·lar programes metagenòmica per treballar amb anvio:
- spades
- quast.py
- fastQC
- trimmomatic
- ncbi-genome-download
- agnostos
- pcolman fa prova i em diu si tot ok
[2024-07-22] sdrammeh, lcorominas, pcolman, apico web enquesta podcast
[2024-10-15] mcelic
orbitrap.icradev.cat
- afegir columna (area-blank)
- restar blank a MM (MM_Blank_AIF)
- restar blank a mostres (Blank_HPLC_AIF)
- fer mitjana i desviació estàndard rèpliques (a,b,c)
- afegir desviació estàndard al càlcul de Recovery
- tenir en compte que el recovery pot tenir diferents nivells (100ppb, 50ppb...)
- després de restar el blanc a l'àrea, calcular regressió MM i descartar valors negatius o zero o "N/F"
- discutir més endavant exportació resultats
[2024-10-15] isanchez, rdiaz simulador escenaris (projectes, persones, despeses) simulador.icradev.cat
[2024-10-15] pcolman instalar nf-core (nextflow). pcolman prova i em diu si funciona tot ok
[2024-10-15] vrocasalva renovar loading+plesk+domini icradev
[2024-10-16] sbusquets, lcorominas: web solucions dsu (solucions-dsu.icradev.cat)
valorar si es pot fer que es vegi bé al mòbil
[2024-10-16] mriva: trucar home gencat sobre tema ip fixe

[2024-10-18] wgernjak, dmercado, lcorominas, rmarce: projecte RECREATE, crear estructura i subdomini web amb checboxes per veure gràfic a partir dels següents timeseries:

yyyy-mm-dd	punt geogràfic	river-discharge (històric)	river-discharge RCP26 (futur)	river-discharge RCP45 (futur)	river-discharge RCP85 (futur)
1850-01-01	{muga,denmark,syros,netherland}	a₀	b₀	c₀	d₀
...	...	...	...	...	...
2100-01-01	{muga,denmark,syros,netherland}	a_n	b_n	c_n	d_n

descarregar models (7TB) a disc dur icra wolf

[2025-01-20] mfillol, lcorominas SARSAIGUA
covidvigilancia.icra.cat
- afegir api variants zenodo
- agrupació de 5 edars (DGIR, DLLE, DTAR, DPDL, DBSS) per gràfic N1 mitjana
- iframe variants dins de sarsaigua.icra.cat
- (no urgent) generació automàtica informes
[2024-10-22] vacuña, etornes, rdiaz "indicadors_icra"
indicadors.icradev.cat
- Indicadors de centre (2023-2029) (cada any)
- Indicadors IP (cada 3 anys)
- API calls a:
  - Scopus (ok)
  - MS SQL Server (icranet) (ok)
  - api SAGE
  - afegir api open alex (segons reunió amb etornés)
  - Investigar graph api microsoft per llegir documents power bi
- Reunió 30/01/2026 vicenç:
  - automatitzar iframes per generar infografia web icra
  - investigar APIs: "xxss.icradev.cat" per mètriques de: seguidors, shares, streams
    - youtube.com/@icrawater
    - instagram.com/icrawater
    - twitter.com/icrawater
    - bsky.app/profile/icrawater.bsky.social
[2025-02-04] dalvarez
standards.icradev.cat
plataforma standards
- afegir camp "lote" a pots
[2025-03-03] wgernjak, tlock
aiguaneix.icradev.cat
plataforma aiguaneix: importació automàtica de CSVs de sensors a base de dades SQL i graficar valors sota demanda
- implementar conversor CSV a SQL
- graph api microsoft llegir correu aiguaneix@icra.cat
[2025-03-14] osacristan kraken2 problema base de dades 500gb (falta RAM)
- solucionat fent servir servei extern
[2025-06-11] fcomalada, vacuña web scrapping api wikiloc codi francesc; intentar fer funcionar al cluster
[2025-09-22] ollorente ajuda amb web python django cluster
[2025-03-18] agabarda, jpueyo, ssabater
web projecte H2OSEG.es
- instalar wordpress
- accés ssh al loading per "agustin"
web per unificar taules (punts/sequera/cabal/geometria)
h2oseg.icradev.cat
[2025-11-03] sdrammeh, pgimenez "pantalla85_notícies_icra"
crear web estàtica pròxims esdeveniments a TV entrada
- demanar accés mysql de wordpress
- test accés
- crear icra.cat/esdeveniments_api script php que generi json
- esdeveniments.icradev.cat creat
- aplicar disseny Sady a esdeveniments.icradev.cat
[2025-11-18] vacuña, afreixa "articles_gènere", "indicadors_openAlex"
Estudi de gènere en articles científics de diversos camps al llarg dels anys

Integrar en un codi les següents eines:
- scimagojr
- openAlex
- genderize.io
- scopus
[2025-11-21] xgarcia CLIMAWWTE programar 2 setmanes de dedicació setembre 2026 aprox
[2025-12-01] lcorominas, jlbalcazar FOODTRACK programar 3 setmanes de dedicació
[2025-12-01] apico snakemake_apico
solucionar problemes execució cluster

Setmana (dilluns)	Projecte principal	status
2026-02-09	paretverda	focus actual
2026-02-16	standards
2026-02-23	articles_gènere, indicadors_openAlex
2026-03-02	articles_gènere, indicadors_openAlex
2026-03-09	indicadors_icra
2026-03-16	indicadors_icra
2026-03-23	orbitrap
2026-03-30	orbitrap
2026-04-06
2026-04-13
2026-04-20
2026-04-27